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和常人不同，孕妇使用抗生素应该特别小心，常用的多种抗生素与抗原虫药物，除有不良反应外，不少还有潜在的致畸可能，例如常用的甲硝唑，对实验动物有致畸作用，故在妊娠期，特别是怀孕前3个月禁用。其他抗生素，如磺胺类、四环素类、喹诺酮类等对母亲或/及胎儿均有不良影响，亦应禁用。某些较缓和的抗腹泻剂，如高岭土、果胶可用，这些药物可吸收水分减少肠蠕动;活性炭片也不妨一试。
思密达是一种八面礞托石，具有较大的吸附面，不被机体吸收，它不但具有上述特性，还可吸附一些致病菌，因而安全有效。一般说来，红霉素、氨苄青霉素对母婴都是安全的。
另外，必须要注意的是，不能用鸦片类药物止泻，因这类药物可能造成细菌过度生长与重复感染，反而会加重腹泻。除了上述药物之外，医生也会给孕妇服用一些微生态制剂，如丽珠肠乐、整肠生等，以调整肠道菌群，扶正祛邪。对有腹泻又即将临产的孕妇，应按肠道传染病行床边隔离，以保证婴儿及其他产妇的安全。
经过以上的吃药治疗之后，拉肚子的孕妇一般可以在24～96小时后恢复正常排便。如治疗无效，应进行粪便细菌学培养和药物敏感试验，同时进行肠道原虫与寄生虫检查。必要时慎行纤维乙状结肠镜检查，以排除炎症性肠病。