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消化不良的检查项目比较多，根据个人需要可以选择不同的检查方法，主要有：
1、血常规、尿常规、粪常规。
2、肝功能、肾功能。
3、病毒性肝炎免疫学检查。
4、X线检查、B型超声检查。
5、电解质及无机元素检测。
6、胃液检测。
7、心血管检查。
8、内镜检查：内镜检查可发现溃疡、糜烂、肿瘤等器质性病变。
9、放射性核素(同位素)检查。
另外，检查鉴别消化不良疾病的注意事项还有以下几点：
1、一般进行检查应做血常规、肝肾功能、血糖、甲状腺功能、粪隐血试验和胃食管24h pH监测。常规检查常无异常发现，有的可有轻度贫血。排除糖尿病、结缔组织病、甲状腺功能障碍和肝肾胰等疾病。
2、检查也可以做上消化道内镜、肝胆胰超声、胸部X检查。超声或放射性核素胃排空检查、胃肠道压力测定等多种胃肠道动力检查手段，在FD的诊断与鉴别诊断上起到了十分重要的作用。
3、内镜检查主要除外食管、胃、十二指肠炎症、溃疡、糜烂、肿瘤等器质性病变。超声检查除外肝、胆、胰、肾等病变。